Forschungsschwerpunkt des Max Rubner-Instituts ist der gesundheitliche Verbraucherschutz im Ernährungsbereich.
Die Bestimmung und ernährungsphysiologische Bewertung gesundheitlich relevanter Inhaltsstoffe in Lebensmitteln, die Untersuchung schonender, Ressourcen erhaltender Verfahren der Be- und Verarbeitung, die Qualitätssicherung pflanzlicher und tierischer Lebensmittel sowie die Untersuchung der Bestimmungsgründe des Ernährungsverhaltens und die Verbesserung der Ernährungsinformationen sind dabei wichtige Teilgebiete.
Neben dem Hauptsitz Karlsruhe verfügt das Institut über Standorte in Kiel, Detmold, Münster, Hamburg und Kulmbach.